A letétkezelő a letétkezelői feladatainak ellátásáért letétkezelői díjban részesül. A díj levonása az alapkezelési díjhoz hasonlóan történik: minden alkalommal, amikor a letétkezelő kiszámítja a befektetési alap nettó eszközértékét, a letétkezelői díj időarányos részét levonja az alap értékéből. A befektetési alap nettó hozamában ilyen módon már a letétkezelői díj levonása utáni hozam.