Az alapkezelő az alap kezeléséért alapkezelési díjban részesül. Ez a díj fedezi az alap kezelése során felmerült költségeket, a díj éves mértéke az alap típusától függ. Jellemzően minél bonyolultabb, időigényesebb az adott alap kezelése, annál magasabb díj kerül felszámításra.